Afyon’un florasında 110 familyya ait 1800 tür ve tür altı takson tespit edilmiştir. Bunların içinde Türkiye’de sadece Afyon’da yayılış gösterenleride mevcuttur. Ayrıca ilimizde 234 endemik tür bulunmaktadır. Yerleşim yelerine yakın bölgelerde ise bitki örtüsü daha çok step özellikleri gösterir. Topraklarının % 10’u ormanlıktır. Platolar ve yaylalar daha çok bozkır bitkileri ile kaplıdır.Afyon il sınırları içinde çeşitli Omurgalı hayvan türleri bulunmaktadır. Bunlardan bazıları; Kızılgeyik, Kurt, Tilki, Yabani Domuz, Tavşan, Kaya Sansarı, Porsuk, Su Samuru ve Yılkı Atlarıdır. Omurgasız hayvanlardan kelebeklerin 120’nin üzerinde türünü bulmak mümkündür.Dünyada yok olma tehlikesiyle karşı karşı olan Apollo Kelebeği Sultandağlarındadır.